Κατά τους πρώτους αιώνες της οθωμανικής κυριαρχίας, η εξάπλωση του Ισλάμ στην Αλβανία ήταν αργή και εντατικοποιήθηκε κυρίως κατά τον δέκατο έβδομο και δέκατο όγδοο αιώνα, εν μέρει λόγω της μεγαλύτερης οθωμανικής κοινωνικής και στρατιωτικής ολοκλήρωσης, γεωπολιτικών παραγόντων και κατάρρευσης των εκκλησιαστικών δομών. Ήταν μια από τις πιο σημαντικές εξελίξεις στην ιστορία της Αλβανίας, καθώς οι Αλβανοί στην Αλβανία μεταστράφηκαν από το να είναι ένας κυρίως χριστιανικός (Καθολικός και Ορθόδοξος) πληθυσμός σε έναν που είναι κυρίως Μουσουλμάνοι (Σουνίτες, Μπεκτασήδες και κάποιες άλλες αιρέσεις), διατηρώντας παράλληλα σημαντικές αλβανικές χριστιανικές μειονότητες σε ορισμένες περιοχές.
Αν και οι Αλβανοί διατήρησαν μια κρυπτοχριστιανική κουλτούρα, γνωστή ως «Λαραμάνοι», όσοι προσπάθησαν να επιστρέψουν στον χριστιανισμό, ενθαρρυνόμενοι από τον Πάπα Κλήμη ΙΑ’, αντιμετώπισαν τη θανατική ποινή σύμφωνα με τον οθωμανικό νόμο. Τελικά, οι Αλβανοί ξεπέρασαν άλλες βαλκανικές ομάδες στην οθωμανική κυρίαρχη τάξη και επιρροή αποκτώντας έτσι κυρίαρχη θέση, παρά το γεγονός ότι ήταν λίγοι σε αριθμό.
Στο κέντρο και στο νότο μέχρι το τέλος του δέκατου έβδομου αιώνα τα αστικά κέντρα είχαν υιοθετήσει σε μεγάλο βαθμό τη θρησκεία της αυξανόμενης μουσουλμανικής αλβανικής ελίτ. Η κατασκευή τζαμιών στην Αλβανία αυξήθηκε σημαντικά από τον 17ο αιώνα και μετά με την έλευση μεγάλου αριθμού μουσουλμάνων Αλβανών μεταναστών. Η αλβανική παλιά αριστοκρατική άρχουσα τάξη μεταστράφηκε στο Ισλάμ για να διατηρήσουν τη γη τους.
Μέχρι τον 18ο αιώνα είχε εμφανιστεί μια τάξη τοπικών αριστοκρατικών Αλβανών μουσουλμάνων ηγετών. Η ύπαρξη αυτής της τάξης ως πασάδες και μπέηδες κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, έχοντας στρατιωτικό προσωπικό ως στρατιώτες και μισθοφόρους, ενώ ήταν επίσης σε θέση να ενταχθούν στους μουσουλμάνους κληρικούς έπαιξε ολοένα και πιο σημαντικό ρόλο στην Οθωμανική πολιτική και οικονομική ζωή, που έγινε μια ελκυστική επιλογή σταδιοδρομίας για πολλούς Αλβανούς. Ανάλογα με τον ρόλο τους, αυτοί οι άνθρωποι στην αλβανική κοινωνία των Μουσουλμάνων κατέκτησαν μία αξιοσέβαστη θέση καθώς εκτελούσαν διοικητικά καθήκοντα και διατήρησαν την ασφάλεια στις αστικές περιοχές και μερικές φορές ανταμείφθηκαν από το Οθωμανικό κράτος με υψηλές τάξεις και θέσεις. Οι Αλβανοί, ως εκ τούτου, εκπροσωπήθηκαν επίσης σε μεγάλο αριθμό στην αυτοκρατορική Οθωμανική αυλή.
Κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας, ο Αλβανικός πληθυσμός εν μέρει και σταδιακά άρχισε να μεταστρέφεται στο Ισλάμ μέσω των διδασκαλιών του Μπεκτασισμού εν μέρει, για να αποκτήσει πλεονεκτήματα στα Οθωμανικά εμπορικά δίκτυα, τη γραφειοκρατία και τον στρατό.] Πολλοί Αλβανοί είχαν επιλεχθεί στο οθωμανικό παιδομάζωμα και ως γενίτσαροι με 42 μεγάλους βεζίρηδες της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας να είναι Αλβανικής καταγωγής.
Για τους Αλβανούς που έχουν μεταστραφεί στο Ισλάμ, ο Μπεκτασισμός με τις μεγαλύτερες θρησκευτικές του ελευθερίες και τον συγκρητισμό θεωρήθηκε μερικές φορές ως μια πιο ελκυστική επιλογή από το Σουνιτικό Ισλάμ. Η σέκτα των Μπεκτασήδων θεωρείται αιρετική από συντηρητικούς Μουσουλμάνους. Παραδοσιακά, οι Μπεκτασήδες βρίσκονται σε αρκετά μεγάλο αριθμό στη νότια Αλβανία και σε μικρότερο βαθμό στην κεντρική Αλβανία, ενώ οι υπόλοιποι του μουσουλμανικού πληθυσμού ανήκει στο σουνιτικό Ισλάμ.
Η Οθωμανική κατάκτηση έφερε επίσης κοινωνικές, πολιτιστικές και γλωσσικές αλλαγές στον αλβανόφωνο κόσμο. Από τον δέκατο πέμπτο αιώνα και μετά λέξεις από τους Οθωμανούς Τούρκους μπήκαν στην αλβανική γλώσσα.
Η μεταστροφή από τον Χριστιανισμό στο Ισλάμ για τους Αλβανούς σηματοδότησε επίσης τη μετάβαση από τη Ρουμ (Ρωμέικη Ορθόδοξη Χριστιανική) σε μουσουλμανικές ομολογιακές κοινότητες εντός του οθωμανικού συστήματος μιλλέτ, που διαχώριζε συλλογικά και κυβερνούσε τους λαούς σύμφωνα με τη θρησκεία τους. Ωστόσο, οι Οθωμανοί γνώριζαν την ύπαρξη Μουσουλμάνων Αλβανών και χρησιμοποιούσαν όρους όπως ο Αρναβούτ (Αρβανίτης) ως εθνοτικός δείκτης για την αντιμετώπιση των αδυναμιών της συνηθισμένης θρησκευτικής ορολογίας μιλλέτ για τον εντοπισμό ατόμων στα Οθωμανικά κρατικά αρχεία. Στα Οθωμανικά τουρκικά, η χώρα αναφέρεται ως Αρναβουτλούκ (Αρβανιτια). Επίσης, μια νέα και γενικευμένη απάντηση από τους Αλβανούς με βάση την εθνική και γλωσσική συνείδηση σε αυτόν τον νέο και διαφορετικό οθωμανικό κόσμο, που αναδύθηκε γύρω τους ήταν μια αλλαγή στο εθνώνυμο. Η εθνοτική ονομασία Shqiptarë (Γιοί των αετών), που προέρχεται από τα λατινικά, που υποδηλώνουν σαφή ομιλία και λεκτική κατανόηση, αντικατέστησε σταδιακά τον Arbëresh / Arbënesh (Αρβανίτες) μεταξύ Αλβανών ομιλητών από τα τέλη του 17ου και στις αρχές του 18ου αιώνα.
Το αλβανικό ενδωνυμιο Shqiptar = «Αλβανός» γενικεύθηκε σαν χρήση κατά τον 18ο αιώνα. Σύμφωνα με τον Robert Elsie, το εθνώνυμο αυτό πρωτοεμφανίζεται στη μορφή shqip σε γραπτά καθολικών Γκέγκηδων λογίων.
Από τις αρχές του 18ου αιώνα, το νέο ενδωνύμιο Shqiptar (Γιός του Αετού) αρχίζει να απαντά ολοένα και πιο συχνά και ,στα τέλη του 18ου αιώνα, είχε γίνει ευρύτατα γνωστό και στους τοσκικούς πληθυσμούς της νότιας Αλβανίας. Αυτό είναι το ενδωνύμιο που έφεραν μαζί τους στην Θράκη οι Αρβανίτες του Έβρου, οι περισσότεροι από τους οποίους έφυγαν από την περιοχή της Κορυτσάς κατά το δεύτερο μισό του 18ου αιώνα. Αντίθετα, το εθνώνυμο Shqiptar (Γιός του Αετού) είναι άγνωστο στους Έλληνες Ορθόδοξους Αρβανίτες του κυρίως ελλαδικού χώρου και στους Έλληνες Ορθόδοξους Αρβανίτες της Ιταλίας, οι οποίοι έφυγαν από την σημερινή νότια Αλβανία κατά την βυζαντινή και πρώιμη οθωμανική περίοδο 1320-1500.
Ένα θέμα που εμφανίζεται με μεγάλη συχνότητα στα έγγραφα του οθωμανικού κράτους κατά τη διάρκεια του ελληνικού Αγώνα της Ανεξαρτησίας είναι οι αποτυχημένες προσπάθειες της Υψηλής Πύλης να κινητοποιήσει τους Αλβανούς πολέμαρχους/προύχοντες για να πολεμήσουν στις μάχες της ενάντια στους έλληνες επαναστάτες. Η πληθώρα των εγγράφων οφείλεται στο γεγονός ότι το οθωμανικό κράτος δεν είχε στρατό στην πραγματικότητα, αλλά ούτε και πολλά μέσα για να τον συγκεντρώσει κατά τη διάρκεια της επανάστασης.
Θυμίζοντας έντονα τις συνθήκες που διέπουν τη διάλυση αρκετών αρχαίων αυτοκρατοριών, η Υψηλή Πύλη ήταν υποχρεωμένη να καταφύγει στην «αγορά βίας», της οποίας οι σημαντικότεροι προμηθευτές ήταν οι μουσουλμάνοι αλβανοί πολέμαρχοι. Μέχρι την άφιξη των αιγυπτιακών δυνάμεων το 1825, με την οποία συνδέεται το τελικό χρονολογικό όριο αυτής εδώ της μελέτης, το οθωμανικό κράτος βρέθηκε κυριολεκτικά στο έλεός τ
ους προκειμένου να καταστείλει την ελληνική εξέγερση.
Οι περισσότεροι ερευνητές της περιόδου τείνουν να υποτιμούν τον ρόλο του αλβανικού στοιχείου και έτσι αποτελεί άγνωστη πτυχή στην ιστοριογραφία του ελληνικού Αγώνα της Ανεξαρτησίας. Αυτό οφείλεται, μεταξύ άλλων, στο γεγονός ότι οι μουσουλμάνοι Αλβανοί αντιμετωπίζονται ως Τούρκοι –ονομάζονται Τουρκαλβανοί ή παραβλέπεται εντελώς η αλβανική τους ταυτότητα.
Οι αιτίες για τις οποίες οι οθωμανικές ένοπλες δυνάμεις αντιμετώπισαν τόσο αντίξοες συνθήκες και οι Αλβανοί έπαιξαν τόσο σημαντικό ρόλο στον πόλεμο για την ελληνική ανεξαρτησία έχουν τις ρίζες τους στην προηγούμενη δεκαετία, η οποία αποτελεί μια από τις λιγότερο μελετημένες περιόδους της οθωμανικής ιστορίας.
Ο Μοραβή (Μοραΐτης) Μιρ Γιουσούφ μπέης, ήταν γιος του Ναυπλιώτη στην καταγωγή Αχμέτ πασά Σαλαμπάς, ο οποίος αφού έλαβε στρατιωτική εκπαίδευση στο παλάτι, υπηρέτησε ως βαλής σε διάφορες ελληνικές πόλεις. Σύμφωνα με τον Φωτάκο (Φώτιο Χρυσανθόπουλο), αγωνιστή και απομνημνευματογράφο του 1821 που γνώριζε τον Γιουσούφ, μητέρα του ήταν μια Χριστιανή. Ο πατέρας του Γιουσούφ μπέη, ο οποίος(ο Γιουσούφ) ανήκε στο σώμα των ιππέων της Υψηλής Πύλης, είχε μεγάλη συμβολή στην πάταξη της «αλβανοκρατίας» που επικράτησε στον Μοριά μετά τα Ορλοφικά. Ο Φωτάκος χαρακτηρίζει τον Γιουσούφ «ήμερο και αγαθό άνθρωπο» καθώς και «γραμματισμένο».
Ο Γιουσούφ μπέης μιλά για «Ρωμιούς», όπως μιλά και για (μουσουλμάνους) Αλβανούς (αλλά και για «Ρωμιούς Αρβανίτες» – Rum Arnabudlari). Ποτέ δεν κάνει λόγο για Οθωμανούς ή Τούρκους, παρά μόνο για «Μουσουλμάνους» ή «πιστούς». Αντίθετα, στο κείμενο του Καμπουτλή Βασφή, απαντά το προσωνύμιο «Τούρκε», ya Turko, κυρίως ως κλητική προσφώνηση από τους Έλληνες.
Ο οθωμανικός στρατός στρατολογούσε Αλβανούς στρατιώτες κυρίως από τους Γκέγκηδες στα βόρεια και τους Τόσκηδες στα νότια. Στην πραγματικότητα, υπήρχε μία σοβαρή έχθρα μεταξύ των δύο φυλών. Μερικές φορές αυτή η έχθρα επηρέαζε τον στρατό. Οι οθωμανοί αρχηγοί προσπάθησαν να εξισορροπήσουν την κατάσταση ενώ προσπαθούσαν να επιλέξουν στρατηγούς που ήταν οικείοι με την ψυχολογία των Αλβανών στρατιωτών. Οθωμανικά αρχεία περιγράφουν τους Αλβανούς στρατιώτες ως “γενναίους, ηρωικούς και πολεμοχαρείς”.
Όταν οι οθωμανοί αξιωματούχοι πληροφορήθηκαν την ελληνική εξέγερση, στράφηκαν στους Αλβανούς μισθοφόρους εξαιτίας προβλημάτων που είχαν δημιουργήσει οι γενίτσαροι. Ο συνολικός αριθμός του στρατού των μισθοφόρων άγγιξε τους 7.000 άντρες. Ο εκπαιδευμένος στρατός στάλθηκε στη Λιβαδειά και τη Θήβα όπου η κατάσταση ήταν κρίσιμη.
Ωστόσο, η πρώτη κρίση με τους Αλβανούς στρατιώτες δεν άργησε να εμφανιστεί. Ενόσω ο στρατός παρέλαυνε στο Ναύπλιο, ο αρχηγός τους, Zekeriya Debre, απαίτησε την πληρωμή μισθού 16.000 πιάστρων για τους στρατιώτες του, κάτι που ήταν ανέφικτο. Η πραγματική αιτία της κρίσης ήταν όμως η ολοένα εντονότερη έχθρα που αναπτυσσόταν εντός του στρατού, μεταξύ των δύο αλβανικών δυναστειών. Εκατοντάδες στρατιώτες, έπειτα από κρυφή συνεννόηση του Zekeriya με τους Αλβανούς ηγέτες που τροφοδοτούσαν με μισθοφόρους τους Οθωμανούς, εγκατέλειψαν τον στρατό.
Παρά τα προβλήματα που δημιουργούσαν, οι Αλβανοί στρατιώτες ήταν απαραίτητοι στους Οθωμανούς καθώς η ελληνική επανάσταση εξαπλωνόταν καθημερινά. Έτσι, το 1822, είχε πια αυξηθεί ο αριθμός των Αλβανών μισθοφόρων στον στρατό.
Στη μάχη κοντά στην Υπάτη, ο Πασάς Μαχμούτ, Αλβανός μουσουλμάνος, πέτυχε νίκη εναντίον του Κολοκοτρώνη, οδηγώντας σε θάνατο 3.000 επαναστάτες. Κάθε Αλβανός μισθοφόρος ανταμείφθηκε με ένα επιπλέον πιάστρο για τη νίκη.
Η οθωμανική αυτοκρατορία αποφάσισε να επικεντρωθεί στην Εύβοια και το Μεσολόγγι, όπου στάλθηκαν οι Αλβανοί μισθοφόροι. Ωστόσο, άρχισαν σύντομα να εγκαταλείπουν τα χωριά όπου εγκαταστάθηκαν, μόλις έμαθαν πως πραγματοποιούνταν πληρωμές σε άλλα μέρη. Αν και ο Αλή Πασάς τους προειδοποίησε να επιστρέψουν, δεν τον υπάκουσαν. Οι περισσότεροι απέδρασαν στη Λαμία.
Στο Μεσολόγγι, η κατάσταση επιδεινώθηκε καθώς η απειθαρχία των Γκέγκηδων αποτελούσε μεγάλο πρόβλημα. Οι συγκεκριμένοι, που είχαν στρατολογηθεί το καλοκαίρι, αρνήθηκαν να πολεμήσουν τον Νοέμβριο και επέστρεψαν στα σπίτια τους. Έτσι, οι Έλληνες αύξησαν τη συχνότητα των επιθέσεων τους στα γύρω χωριά.
Αν και ο οθωμανικός στρατός είχε πετύχει νίκη στα Ψαρά, του ήταν αδύνατο να καταφέρει το ίδιο στον Μοριά κατά το 1823-1824. Μια από τις αιτίες, κατά τους Οθωμανούς αξιωματούχους, ήταν ο ζήλος των Αλβανών στρατιωτών για τον μισθό τους.
Ο πασάς Μεχμέτ Ρασίντ(σημ. ο γνωστός μας Κιουταχής) αποφάσισε να μεταβεί στο Μεσολόγγι τον Μάρτιο του 1825 καθώς οι αποδράσεις είχαν αυξηθεί στον στρατό, αφού η πολιορκία του Μεσολογγίου συνεχιζόταν. Χριστιανοί Αλβανοί υποστήριζαν τους επαναστάτες.
Ένα νέο πρόβλημα προέκυψε καθώς ο στρατός προσέγγιζε τις πύλες του Μεσολογγίου. Ο αρχηγός των Αλβανών Τόσκηδων ήταν ανεπαρκής. Επίσης οι πληρωμές των Αλβανών δημιούργησαν ξανά πρόβλημα πριν την τελευταία επίθεση στο Μεσολόγγι. Οι μισθοφόροι υποστήριξαν πως δεν θα μάχονταν εκτός και αν πληρώνονταν και απειλούσαν να γυρίσουν σπίτι τους γιατί τα συμβόλαια τους είχαν λήξει. Απαίτησαν τις προηγούμενες πληρωμές τους και επιπλέον πληρωμές σε μετρητά για τους επόμενους τρεις ή τέσσερις μήνες.
Ακόμα και μετά την κατάκτηση του Μεσολογγίου, οι μισθοφόροι δεν είχαν πληρωθεί και το πρόβλημα οξυνόταν. Αυτό καθυστερούσε την κατάκτηση της Αθήνας. Ο Ρασίντ Πασάς όμως δεν είχε άλλη εναλλακτική λύση πέρα από τους Αλβανούς στρατιώτες και αυτό τον γέμιζε απελπισία.
Η ικανοποίηση των Οθωμανών αξιωματούχων για την κατάκτηση της Αθήνας και της Ακρόπολης στις 6 Ιουνίου 1827, δεν κράτησε για πολύ. Έπρεπε να πληρώσουν άμεσα τους Αλβανούς μισθοφόρους καθώς η καθυστέρηση είχε δημιουργήσει σοβαρό πρόβλημα. Εάν οι πληρωμές πραγματοποιούνταν, η οθωμανική αυτοκρατορία θα μπορούσε να διατηρήσει στις τάξεις της, 10.000 Αλβανούς στρατιώτες.
Το 1828, οι Έλληνες επαναστάτες κατέλαβαν εκ νέου το Μεσολόγγι εξαιτίας προβλημάτων που είχαν δημιουργηθεί στον οθωμανικό στρατό λόγω αποτυχίας πληρωμών των Αλβανών μισθοφόρων.