Γράφει ο Στυλιανός Καβάζης
“Μέγαν μάρτυρα ἡ Ἐκκλησία,
μέγαν ἥρωα τὸ ἔθνος σύμπαν,
τὸν τῆς Σμύρνης ὑμνοῦμεν Χρυσόστομον.
Καὶ γὰρ γενναίως ἀθλήσας ὑπέμεινεν
ὑπὲρ πατρίδος καὶ πίστεως θάνατον.
Ἱεράρχου τε ὑπόδειγμα ἑαυτὸν ἀνέδειξε,
τὸν στέφανον λαβὼν τὸν ἀμαράντινον.”
Τον Μάρτιο του 1902 (23 Μαρτίου) εκλέχτηκε Μητροπολίτης Δράμας κατα αρχάς, και μετέπειτα Σμύρνης ο Χρυσόστομος Καλαφάτης. Την ημέρα εκείνη απευθυνόμενος στον Πατριάρχη Κωνσταντίνο είπε:
«Εν όλη τή καρδία και εν όλη τη διανοία θα υπηρετήσω την Εκκλησίαν και το Γένος, και η μίτρα, την οποίαν αι άγιαι χείρες σου εναπέθεσαν επί της κεφαλής μου, εάν πέπρωται να απολέση ποτέ την λαμπηδόνα των λίθων της, θα μεταβληθή εις ακάνθινον στέφανον μάρτυρος ιεράρχου», πράγμα που έγινε πραγματικότητα 20 χρόνια αργότερα.
Παρά τις προτάσεις που του έγιναν να αποχωρήσει ασφαλής από τη Σμύρνη καθώς το μέτωπο κατέρρεε, ο Χρυσόστομος δεν του πέρασε ούτε μια στιγμή από το μυαλό να εγκαταλείψει τον κόσμο. Κάτι βέβαια που δεν έπραξε βέβαια ο φίλος και προσωπική επιλογή του Εθνάρχη Ελευθερίου Βενιζέλου,Ύπατος αρμοστής της περιοχής Αριστείδης Στεργιάδης, όπου με ελαφρά την καρδία στις 26 Αυγούστου 1922 μία ημέρα πριν την είσοδο των Τούρκων στη Σμύρνη και την φρικτή εκτέλεση του σπουδαίου Ιεράρχη μας, διέφυγε με τη βρετανική ναυαρχίδα Σιδηρούς Δουξ (HMS Iron Duke).
Το απόγευμα της 27ης Αυγούστου 1922, Τούρκος αρχιαστυνόμος μαζί με ένοπλους στρατιώτες, μετέβη στα γραφεία της Μητρόπολης Σμύρνης και διέταξε τον Χρυσόστομο να παρουσιαστεί στον Τούρκο στρατιωτικό διοικητή Νουρεντίν πασά, μαζί με τους Έλληνες Δημογέροντες της Σμύρνης Γεώργιο Κλιμάνογλου και Νικόλαο Τσουρουκτσόγλου.
Ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος προσήχθη ενώπιον του Νουρεντίν στο Διοικητήριο. Εκεί ο τούρκος διοικητής τον κατηγόρησε για τη φιλελληνική του στάση και τις ενέργειές του εναντίον του τουρκικού έθνους και αφού τον εξύβρισε τον παρέδωσε στους εξαγριωμένους Τούρκους που είχαν κατακλύσει την πλατεία του Διοικητηρίου.
Πρώτοι δολοφονήθηκαν από τους Τούρκους οι δύο Δημογέροντες Γεώργιος Κλιμάνογλου και Νικόλαος Τσουρουκτσόγλου. Του έβγαλαν με ξιφολόγχη τα μάτια, του έκοψαν τ’ αυτιά και τη γλώσσα. Τον Χρυσόστομο έσυραν από τα γένεια και τα μαλλιά. Γύρω απ’ το σώμα του έστησεν η απάνθρωπη, η αφάνταστα βάρβαρη τουρκική μανία τον πιο φρικτό χορό. Δεν άφησαν τίποτε το σκληρό και το εξευτελιστικό που να μην το κάμουν στο αφανισμένο και μισοσκοτωμένο κορμί του Χρυσοστόμου.
Κατα αυτόν τον τρόπο σύρθηκε ως τους Ικί-Τσεσμέ, ο γέροντας Μητροπολίτης Σμύρνης, κατακομματιασμένος. Από το κορμί του, εκεί, το μεθυσμένο από κτηνωδία πλήθος πήρε ένα κομμάτι της σάρκας του Χρυσοστόμου για φυλακτό ματωμένο.
Το κεφάλι του με τα μάτια βγαλμένα, τ’ αυτιά και τη γλώσσα κομμένα ,με τα γένεια ξεριζωμένα και μαύρο από το ξύλο, αιματοστάλαχτο, τον παλούκωσαν στην πατερίτσα του και η πομπή μαινόμενη από βλαστήμιες και σαρκασμό, το περιέφερε στους Τούρκικους μαχαλάδες. Η μίτρα του είχε όντως καταστεί ακάνθινο στεφάνι.
Η Ορθόδοξη Εκκλησία τον ανακήρυξε Άγιο ως Ιερομάρτυρα. Η μνήμη του «Αγίου Χρυσοστόμου Σμύρνης και των συν αυτώ Αγίων αρχιερέων Γρηγορίου Κυδωνιών, Αμβροσίου Μοσχονησίων, Προκοπίου Ικονίου, Ευθυμίου Ζήλων καθώς και των κληρικών και λαϊκών που σφαγιάσθηκαν κατά τη Μικρασιατική Καταστροφή» εορτάζεται την Κυριακή προ της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού (Σεπτέμβριος).
Ο Άγιος Χρυσόστομος Σμύρνης στέκει ως αθάνατο σύμβολο πίστης και ανδρείας, ως μάρτυρας που με το αίμα του επισφράγισε την αλήθεια του Γένους και της Ορθοδοξίας. Η θυσία του αποτελεί την πιο δυνατή απάντηση σε κάθε προσπάθεια αποδόμησης της πίστης μας και της αξίας των ποιμένων μας. Μπροστά στο ακάνθινο στεφάνι του Αγίου Χρυσοστόμου σιωπούν οι κατήγοροι και οι διαστρεβλωτές και ακριβώς εκεί αναδεικνύεται το μεγαλείο μιας Εκκλησίας που δεν εγκαταλείπει τα παιδιά της, αλλά τα αγκαλιάζει ως μάνα και οδηγεί με το παράδειγμα των μαρτύρων της. Το όνομά του θα μνημονεύεται αιώνια, κρατώντας ζωντανή την εθνική μας μνήμη και ακατάλυτη την πίστη μας.